La stagione 1989/90 vede la conferma di Giuseppe Materazzi alla guida tecnica della squadra da parte del Presidente Calleri.
La campagna acquisti-cessioni è così strutturata: acquisti Sergio, Troglio, Soldà, F.Marchegiani, Bergodi, Amarildo, Orsi, Nardecchia, A.Bertoni. Cessioni Dezotti, Acerbis, Gutierrez, Rizzolo, Martina, Greco, Muro, Marino.
La Coppa Italia è a eliminazione diretta e al primo turno la Lazio elimina l'Ancona vincendo a Roma per 2-0. Il cammino dei biancocelesti viene interrotto dal Bologna una settimana dopo quando i rossoblù si impongono per 1-2 dopo i tempi supplementari al Flaminio. La Coppa Italia fu vinta dalla Juventus.
Da notare che la Lazio in questa stagione giocherà le partite casalinghe allo Stadio Flaminio in quanto lo Stadio Olimpico era oggetto di pesanti lavori di ristrutturazione in vista di Italia '90.
Il campionato inizia con una prevedibile sconfitta a San Siro con il Milan. Deludente il successivo pareggio interno con la Cremonese che precede la sconfitta di misura a Firenze. Finalmente arriva la prima vittoria al Flaminio con il Lecce (3-0). I biancocelesti impattano a Verona e ottengono un brillante pareggio interno con la forte Juventus. Poi conquistano un punto a Cesena e la domenica successiva schiantano il Bologna (3-0). Con lo stesso punteggio escono sconfitti a Milano dall'Inter e poi cadono malamente in casa con l'Atalanta. Lo stato di forma della squadra appare precaria alla vigilia del derby del 19 novembre, ma con una saggia partita la Lazio costringe al pareggio la rivale cittadina, nonostante abbia giocato in dieci uomini per quasi mezza partita per l'espulsione di Amarildo.
Il buon risultato del derby infonde coraggio ai biancocelessti che concludono il girone di andata pareggiando con il Genoa, il Bari e l'Ascoli e vincendo in trasferta con l'Udinese (0-2) e in casa, con una gara perfetta, con il Napoli di Maradona, Careca e Alemao, (3-0).
Il girone di ritorno non comincia bene per la compagine romana. Viene sconfitta a Genova dalla Sampdoria e in casa dal Milan. Poi ancora una sconfitta a Cremona complica la situazione. Tre pareggi consecutivi, Fiorentina, Lecce e Verona muovono un po' la classifica. L'11 febbraio la Lazio perde a Torino con la Juventus di stretta misura, 1-0, e torna alla vittoria in casa contro il Cesena, 4-0. Un bel pareggio a Bologna precede la prestigiosa vittoria interna contro l'Inter. L'Atalanta umilia i biancocelesti a Bergamo, 4-0, prima del derby cittadino. Al Flaminio la Roma, dopo sette anni, torna alla vittoria con una rete di Voeller. L'arbitro nega tre netti rigori alla Lazio e Soldà colpisce in pieno la traversa. La partita è durissima in campo e sugli spalti. E' un match che lascerà polemiche a non finire. Nelle ultime quattro giornate di campionato la Lazio pareggia in trasferta con il Genoa e con il Bari, vince in casa contro l'Ascoli, 3-0, e pareggia con l'Udinese. La partita con l'Ascoli si giocò il 14 aprile 1990 e lo stesso giornò una luttuosa notizia lacerò il cuore di ogni laziale: in un incidente automobilistico morì Mario Frustalupi, uno degli artefici dello Scudetto del 1974.
La stagione fu dignitosa, ma se non si rischiò mai di rimanere coinvolti nella
lotta per non retrocedere, si ebbe chiara la sensazione che mai la squadra
avrebbe potuto fare un salto di qualità tale da proiettarla verso le zone alte
della classifica.
La Lazio totalizzò 31 punti e giunse 9^ in classifica a pari punti con il Bari. Vinse 8 partite, ne pareggiò 15 e ne perse 11. Segnò 34 reti e ne subì 33. I suoi migliori marcatori furono Amarildo e Sosa con 8 reti, seguiti da Pin con 6. I giocatori con più presenze furono Soldà con 33 gare, Bergodi con 32 e Pin con 31.
Il Campionato di Serie A 1989/90 fu vinto dal Napoli con 51 punti.
